Mientras T.J., Ashley, Carlos, Cassie y Alfa 6 abandonan la Tierra en un cohete de NASADA, con la misión de buscar y encontrar a Zordon, en un lugar remoto del Universo, Dark Specter ha convocado una reunión de seres malvados de toda la galaxia, a la que asisten, Rita, Zedd, el Rey Mondo y la Reina Machina, y Divatox. Junto a ellos hay una nueva malvada, Astronema, princesa del mal, y un extraño encapuchado. Al presentarse Dark Specter, muestra a Zordon, que ha sido capturado, y revela que piensa extraer todos sus poderes para hacerse más fuerte y destruir el Universo. Comenzando a sospechar, Astronema acusa de espía al encapuchado, que revela ser un Red Ranger. Logra escapar en un aerodeslizador.
Mientras tanto, el cohete de los Rangers es atraído por una enorme nave espacial, la Astro Megaship, que parece estar vacía salvo por una inteligencia artificial que la gobierna llamada DECA. Alpha descubre al intentar hablar, que no puede articular palabras: en el ataque a la Power Cámara, resultó dañado su chip sintetizador de voz, y ahora sólo emite sonidos ininteligibles. Mientras la exploran, el Red Ranger se presenta y les toma por enemigos. Huyendo de ellos, Astronema, que ha recibido el encargo de ir tras él, ataca la nave. Cuando los Rangers le ayudan, descubre que están de su parte. Cuando repelen el primer ataque, el Red Ranger les revela su identidad: se llama Andros y viene del planeta KO-35, después les revela que él también está buscando a Zordon para rescatarle, repara el sintetizador de voz de Alpha, dotándole de una nueva voz, y repara el cohete de los Rangers para que vuelvan a la Tierra, pues quiere hacer esa misión solo. Cuando les deja en el planeta más cercano con el cohete y se marcha, Alpha le convencerá para que regrese, pues necesitará ayuda en su misión. Regresa justo a tiempo, pues los Rangers estaban siendo atacados por Astronema. Andros les entrega nuevos Morphers para que puedan transformarse en los nuevos Space Power Rangers. T.J. pasa a ser el Blue Ranger, Carlos el Black Ranger, y Ashley y Cassie conservan sus colores de Yellow y Pink Ranger respectivamente. Ashley se siente inmediatamente atraída por Andros, y lo mismo ocurre a la inversa.
Para lograr reparar la Astro Megaship, que tiene la capacidad de transformarse en el Astro Megazord, los Rangers regresan a la Tierra. Astronema les sigue y decide colocar en la Tierra los objetivos de sus ataques para intentar destruir a los Rangers. Desde este momento, los Rangers combinaran sus vidas en la Tierra y en el instituto de Angel Grove con su vida en la Astro Megaship en su búsqueda de Zordon, mientras repelen los ataques de Astronema, su lugarteniente Ecliptor y Elgar, que ha abandonado a Divatox sin que ella lo sepa y se ha unido a Astronema en su Fortaleza Oscura.
Carlos, en una ocasión, descubre a Andros viendo un video antiguo. Al parecer su hermana Karone fue raptada por algún desconocido cuando eran pequeños, él siente que está viva, y mientras busca a Zordon también la busca a ella. En cierto momento, reciben un mensaje del Phantom Ranger, que ha localizado a Zordon en el planeta Hercuron, por lo que intentan ir en su ayuda, pero llegan tarde. No obstante, el Phantom Ranger les entrega su Delta Megaship, transformable en el Delta Megazord, y que tiene la capacidad de unirse al Astro Megazord, formando el Astro Delta Megazord
Tras un tiempo, los Rangers descubren una entrada secreta en la Astro Megaship que conduce a una cámara en la que hay un Ranger en estado de hibernación. Andros les cuenta que ese es su mejor amigo, llamado Zhane, y que es el Silver Ranger. Lleva dos años en hibernación esperando que algún día despierte, tras haber sido malherido durante el ataque a KO-35. Durante un ataque, Zhane despertará, y se unirá a ellos.
Zhane se siente atraído por Astronema, y curiosamente lo mismo le ocurre a Astronema por Zhane. Llegarán a verse en secreto sin que ni los Rangers ni las fuerzas del mal respectivamente se enteren, hasta que en una ocasión Zhane llega tarde porque Ecliptor ha atacado a los Rangers sin el consentimiento de Astronema, ella no le cree y rompe la relación.
Tras descubrir que existen supervivientes rebeldes de KO-35, Zhane decide quedarse con ellos y ayudarles en la resistencia, pero regresará cuando los Rangers necesiten su ayuda, con el Mega Winger, un nuevo Zord transformable que le entregan los rebeldes. Darkonda, un villano en el que nadie confía pues sólo piensa en sí mismo y traicionaría a cualquiera, entra en escena. Mientras Andros está de incognito en un planeta, conseguirá unas tarjeta-llaves que pertenecieron a Zordon. Darkonda intenta convencerle de que se las dé, y Andros se las ofrece a cambio de que le cuente lo que sepa de KO-35. Darkonda le revelará que fue él quien secuestró a su hermana, y que aún está viva. Cuando va a decirle quien es, descubre el Morpher y le ataca. Andros escapará con las tarjeta-llaves, con las que los Rangers lograrán encontrar y desbloquear los Mega Vehicles, cinco Zords que pueden combinarse en una especie de Megazord llamado Mega Voyager.
En otro ataque, Andros arranca un colgante del cuello de Astronema, y queda impactado al descubrir que es el mismo colgante que él lleva al cuello, con los retratos de Karone y Andros de niños, lo que prueba que Astronema es su hermana Karone. Al principio ella no le cree, ya que las fuerzas del mal siempre le dijeron que sus padres y hermano habían sido destruidos por los Power Rangers, y se debate entre el bien y el mal, pero finalmente abandona la Fortaleza Oscura y se reúne con su hermano bajo la identidad de Karone. Sin embargo, poco después será secuestrada, y con un implante electrónico le lavan el cerebro, volviendo a ser Astronema.
Sin embargo, el lavado de cerebro ha funcionado demasiado bien, y Astronema decide traicionar a Dark Specter para ser ella la reina del mal. Para ello, absorbiendo la energía de Dark Specter sin que él sepa quién lo hace, crea a los Psycho Rangers, cinco cyborgs con poderes y colores similares a los Rangers, que tienen la capacidad de transformarse en monstruos, y que les ponen en aprietos. El plan de Astronema es que cuanto más luchen los Psycho Rangers, más energía absorberán de Dark Specter, llegando a ponerle al borde de la muerte. Acabaran siendo destruidos, lo que desbarata el plan de Astronema, pero vuelven en forma de fantasmas, y con una máquina, serán convertidos en datos guardados en tarjetas de memoria, que acabaran en posesión de Astronema.
Finalmente, las fuerzas del mal se unen para dominar todo el Universo. Parecía ser el final de todo, ya que atacaban en diferentes lugares al mismo tiempo, y derrotan a distintas generaciones de Rangers. Sin embargo, Andros logra llegar hasta la Fortaleza Siniestra para hablar con Astronema, y se lleva la sorpresa de que Zordon está allí. Astronema no acepta nada de lo que Andros le dice y en uno de los ataques sale malherida y muere. Ecliptor, uno de los sirvientes más allegados a la princesa, trata de vengarse, pero Andros logra romper el tubo dimensional de Zordon (a petición de él), provocando una ola de energía positiva que convierte en polvo a todos los monstruos y en humanos a Divatox, Rita y Lord Zedd y convirtiendo a Astronema en Karone.
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